Internkontroll skal sørge for at vedtatte prosedyrar vert følgde og at pålagde og planlagde oppgåver vert gjennomførte.
I Compilo kvalitetssystem, som Aukra kommune nyttar, skal avvik meldast inn og handterast.
Kommunen har òg tilsyn frå eksterne instansar.
Ved eit tilsyn vil ein instans i offentleg forvaltning undersøke om kommunen held seg til lov og regelverk og at kommunen yter dei tenester som innbyggjarane har krav på. Statsforvaltaren i Møre og Romsdal er tilsynsmynde i Aukra kommune . Dei statlege tilsynsetatane som fører tilsyn med kommunar gjennom Statsforvaltaren er Utdanningsdirektoratet, Integrerings- og mangfoldsdirektoratet, Direktoratet for samfunnssikkerhet og beredskap, Miljødirektoratet og Statens helsetilsyn.
Ei rekkje statlege tilsynsetatar fører òg tilsyn direkte med kommunar. Desse er Arbeidstilsynet, Mattilsynet, Datatilsynet, Arkivverket, Kystverket, Direktorat for samfunnssikkerhet og beredskap og Kartverket.